新手玩家初期最重要的任务之一是组建一支均衡的队伍。游戏开始时可以从大木博士处选择初始宝可梦，包括小火龙、杰尼龟和妙蛙种子，这三只宝可梦分别代表火、水和草属性，选择时需考虑后续道馆挑战的属性克制关系。初始选择后，真新镇周围的草丛可以遇到一些常见野生宝可梦，虽然出现杰尼龟的概率极低，但通过反复尝试仍有机会捕获。
常磐森林是新手早期必经之地，这里栖息着大量虫系和飞行系宝可梦，如绿毛虫、独角虫和波波。这些宝可梦进化后能提供不错的战斗力，尤其是巴大蝶的催眠粉技能在战斗中非常实用。穿过常磐森林到达尼比市后，月见山是下一个重要地点，山洞内可捕获超音蝠和小拳石，击败深处的研究员还能获得化石，可选择将其复活为化石盔或菊石兽。
华蓝市周边水域是捕捉水系宝可梦的理想地点，使用冲浪术后可遇到鲤鱼王、玛瑙水母等。枯叶市附近的11号道路有地鼠洞穴，内部的地鼠和三地鼠速度属性突出。紫苑镇的宝可梦塔内栖息着幽灵系宝可梦，但需要特殊道具才能看见其真实形态。彩虹市游戏厅下方的火箭队基地事件解决后，城市东边的16号道路可遇到卡比兽，使用宝可梦笛将其唤醒后即可尝试捕捉。
游戏中期可前往双子岛捕获急冻鸟，需按特定顺序推石头堵住瀑布。无人发电厂深处藏有闪电鸟，而火焰鸟则栖息在1号岛的灯火山顶。这三只传说宝可梦等级均为50级，捕捉前需准备足够的高级球或大师球，建议将目标宝可梦的HP削弱至红色状态并施加异常状态以提高成功率。狩猎地带是出现稀有宝可梦的特殊区域，使用特定诱饵可吸引不同种类的宝可梦。
后期在七之岛区域能遇到更多稀有宝可梦，如4岛右侧子岛的急冻鸟，6岛草原的达克莱伊。通过特定剧情解锁的仓库内可能存放着梦幻等稀有宝可梦。在捕捉任何宝可梦前，合理搭配队伍属性，了解目标宝可梦的弱点，使用相克制的技能进行战斗，避免直接将其击败。持续尝试是成功的关键，许多稀有宝可梦的捕捉需要多次挑战。
