秘传机器是推进剧情和探索地图的关键道具，共有8种秘传技能机器分布在游戏不同区域。这些机器一旦获得便可无限次使用，但需要特定徽章才能在对战外使用。秘传机器包括居合斩、飞翔、冲浪、怪力、闪光、碎岩、攀瀑和潜水，每种机器都有固定的获取位置和条件要求。
居合斩是最早获得的秘传机器，在枯叶市的圣安奴号邮轮上完成船长任务后获得。飞翔机器位于彩虹市左边道路的房屋内，需要先解决卡比兽挡路的问题。冲浪机器则需要在野生原野区最深处的小屋中与NPC对话获取。怪力机器与野生原野区的金牙任务相关，将金牙交给园长后即可获得。这些机器都对应着重要的地形障碍解除功能，是游戏进程的必要道具。
闪光机器在通过地鼠洞穴后，由博士助手赠予，前提是玩家已收集10种以上宝可梦图鉴。碎岩机器需要在一岛的温泉处与老人对话获得。攀瀑机器位于四岛的阴森洞穴深处。潜水机器在正常游戏中无法获得，仅能通过特殊方式取得。每个秘传机器的获取都伴随着特定的剧情推进或任务完成，建议玩家在探索时注意与每个区域的NPC充分对话。
遗忘秘传技能需前往浅红市精灵中心左侧房间，与遗忘爷爷对话选择需要遗忘技能的宝可梦。这一机制保证了队伍配置的灵活性，但要注意某些秘传技能是通过特定地形的必要条件。游戏中的道馆挑战顺序也影响着秘传技能的使用权限，建议玩家合理安排获取和使用时机。
秘传机器的获取路线贯穿整个游戏流程，从初期常磐森林到后期岛屿探险都设有相应道具。系统性的区域探索和NPC互动是收集全部秘传机器的关键，部分机器需要完成支线任务或解决机关谜题才能获得。建议玩家在每到达新区域时，优先完成当地主线任务并全面搜索隐藏路径。
