完成主线任务需要重点捕捉几只关键精灵。初始阶段必须从妙蛙种子、小火龙与杰尼龟中选择一只作为搭档，这三只精灵的属性克制关系直接影响前期道馆挑战的难度。选择小火龙能有效应对第一个岩石系道馆，而杰尼龟则对第二个水系道馆更具优势。捕捉常磐森林的皮卡丘可作为电系战术补充，其麻痹效果在早期战斗中具有战略价值。
推进剧情至月见山时，需要在化石盔与菊石兽之间做出选择，这两只化石精灵后期分别进化为镰刀盔和多刺菊石兽，均具备独特的水/岩石属性组合。获取攀瀑术后必须培养至少一只水系精灵，推荐在双子岛捕捉乘龙或使用初始的杰尼龟进化型。无人发电厂的闪电鸟是通关必备的电系神兽，其高速度与特殊攻击能有效对抗后期水系训练师。
三圣鸟中的火焰鸟与急冻鸟分别位于火焰山与双子岛深处，虽然非主线强制要求，但收集它们能显著提升队伍强度。华蓝洞窟的超梦作为游戏终极神兽，需要通关后获得钥匙才能挑战，其超能力属性在后期战斗中具有统治级表现。红莲岛的梦境则需要通过特定剧情解锁，其多变的技能组合能适应不同战斗环境。
图鉴收集方面，完成150种精灵收录可获得橡树教授的珍贵奖励，其中需要通过交换获得的精灵如胡地、怪力等需提前规划。特定地点出现的伊布具有多种进化分支，建议在浅红市周边反复遭遇以获取足够数量。技能机器如居合斩、闪光术等需分配给合适的精灵，避免浪费在过渡角色上。
后期岛屿任务中，六岛遗产谷的古拉多与七岛海域的盖欧卡需要超级钓竿才能触发，建议保留高级球类道具应对。幽灵塔的嘎啦嘎啦需使用观测镜才能正式对战，而彩虹游戏厅的火箭队基地事件必须完成才能推进剧情。合理分配探险路线，优先解决阻碍进程的卡比兽事件，才能高效完成全图探索。
最终队伍构成建议保持属性平衡，火系推荐风速狗或喷火龙，水系以水箭龟或宝石海星为佳，电系保留闪电鸟或雷丘，超能系首选超梦或胡地。飞行系常备比雕或大嘴蝠解决地图移动需求，岩石系由镰刀盔或铁甲暴龙担任防御核心。通过系统化培养这些关键精灵，能够有效应对游戏中的所有挑战。
