水上驻守战役和关卡主要围绕赤壁之战与襄樊之战两大剧本展开。赤壁之战作为游戏内首个水战主题剧本，其核心玩法依托于长江水域的舰队对抗，玩家需通过建造蒙冲、斗舰、楼船等高级舰船，并利用火攻、舰队编队等策略实现水域控制。襄樊之战则进一步优化水战机制，引入水寨改装系统与武将水军适性训练，使水域作战更贴近真实历史场景。这两大剧本均要求玩家掌握舰船特性、水域地形及同盟协作能力。
赤壁之战的水战规则强调舰队编队与火攻策略。玩家需根据舰船特性分配防御型与攻击型船只，例如将高防御战舰置于前排吸引火力，后排配置输出型舰船。火攻作为关键战术，需通过特定指令焚舟炬敌对敌军造成持续伤害。水域地形会直接影响行军路线与伏击点位，例如狭窄河道适合设置防线，开阔水域则利于大规模舰队决战。同盟玩法中，占领港口后可委任水军都督建造旗舰，旗舰能提升周围友军士气恢复速度，但被摧毁后需消耗资源重建。
襄樊之战的水战玩法更注重个人操作与战术灵活性。主城达到8级后可建造水寨，通过改装战船获得神行强攻等特性，适应行军或攻防需求。武将水军适性可通过操练提升，即使初始适性较低的武将也能达到S级。水战指令如焚舟渡江需消耗体力触发增益效果，例如焚舟提升伤害但增加伤兵损失，渡江提供隐形状态实现先攻。水域中分布水军营地和资源地，占领后可迁移主城或快速补给，但需注意雨天导致的洼地淹没可能改变战场格局。
攻击水军营地后，玩家可消耗200珠宝宝石迁城至水域，与盟友形成连舫状态，最高提供20%攻防加成。迁城点位分为内圈与外圈，内圈的6个关键位置可达成5级连舫，战术价值极高。水域行军速度虽快，但需注意部分陆地与水域存在攻击盲区，需提前规划路线。水军营地的NPC守军强度较高，需集结同盟力量攻坚，摧毁后需连地才能占领。
赤壁之战中，旗舰作为核心建筑需重点保护，其守军被击败后会自动恢复，但完全摧毁将导致战术优势丧失。襄樊之战则依赖同盟成员协同迁城，形成连舫防御链。水域资源争夺需结合天气变化调整策略，例如雨天可借助决堤指令破坏敌方建筑。玩家需实时观察敌方舰队动向，灵活切换战船改装特性，例如行军时选择神行加速，接战时切换为强攻提升输出。
前者侧重大规模水域决战，后者强化个人操作与小范围战术对抗。玩家需根据剧本特性选择舰船配置、迁城策略及指令组合，同时注重水域资源控制与天气变化的影响，才能在水战中占据优势。
